1.1. Taksonominin Tanimi

Insan, çevresinde gördügü cansiz ve canli varliklari, her zaman bir siniflandirma egilimi içindedir. Kural olarak insan, siniflandirarak algilayabilen bir türdür. Farkinda olmasak bile, çevremizdeki canlilari bitkiler ve hayvanlar ya da suda ve karada yasayanlar, tehlikeli-tehlikesizler gibi ayirimlarla siniflandiririz.

Taksonomi sözcügü Yunanca kökenli olup, siralama anlamina gelen "taxis" ve isim anlamina gelen "nomos" sözcüklerinin birlesmesiyle olusmustur (nomos sözcügünün anlami, bazi kaynaklarda "kanun" olarak da geçer). Canli türlerini belirli bir düzene sokmaya çalisir ve bu amaca yönelik ilkeler gelistirir. Taksonomi, canlilari tanimlayan, anlatan ve adlandiran bilim dalidir.

Belirli bir hiyerarsiye göre siniflandirma bütününe yerlestirilmis, belirli ortak özellikler tasiyan ve buna göre adlandirilan birimlere "takson" adi verilir.

1.2. Taksonomi, Siniflandirma ve Sistematik

Canlilarin tanimlanmasini ve anlatimini taksonomi bilimi üstlenir. "Siniflandirma" ise taksonomiden farklidir. Siniflandirmanin çalisma konusunu, yalnizca canlilari gruplandirmak ve bu gruplari derecelendirmek biçiminde özetlemek mümkündür. Siniflandirma, yasayan ya da yok olmus canlilarin gruplar halinde siralanmasidir.

Sistematik ise, taksonomi ve siniflandirmadan farkli ve çok daha kapsamli olarak, canlilarin birbirleriyle evrimsel akrabalik iliskilerini, benzerlik ve farkliliklarini inceleyen bir bilim dali olarak tanimlanabilir. Bir diger deyisle sistematik, taksonomisi yapilmis gruplari birbirleriyle iliskilendirir. Nomenclature sistematigin bir alt dalidir. Canlilarin belirli kurallara bagli olarak adlandirilmasi ile ilgilenir.

2.1. Ilk Çalismalar

Siniflandirmanin temeli Aristo'ya (Aristotle - M.Ö. 384-322) kadar uzanir. Aristo, özellikle deniz canlilarini incelemis; hayvanlari dis görünüslerine, hareketlerine, yasam sekillerine ve vücut özelliklerine göre bilimsel denebilecek sekilde siniflandirmistir. Aristo'nun yapmis oldugu ayirima sistematik demek hayli güç olsa da, belirledigi ilkeler sonraki çalismalara isik tutmustur.

Yeni Dünya'nin kesfiyle birlikte, bilinen canli türlerinin sayisi bir miktar daha artti (Palearktik genel olarak tür sayisi bakimindan daha zengin sayildigi için, Yeni Dünya'nin kesfinden sonra tür sayisinda bir patlama oldugu kabul edilmemektedir). Bir süre sonra, bu canlilarin ögrenilebilmesi ve düzenli olarak çalisilabilmesi için yeni bir sisteme gerek duyuldu. Yeni bir sistemin gelistirilmesi sonucunda, bilinen ve o zamana kadarki sistemlerce tanimlanmis olan türlerin hepsinin yeniden ele alinmasi gerekti. Dolayisiyla da arastirmacilar, yeni sistemce adlandirilmasi, tanimlanmasi ve gruplandirilmasi gereken çok sayida canli türüyle karsi karsiya kaldilar. Bu türlere, iki sözcükten olusan ve "sifatsal" özellikler tasiyan adlar verilmeye baslandi. Ilk adim, birbirine benzer özellik gösteren türlerin gruplandirilmasi ve onlara dis görünüslerini yansitan adlar bulunmasi oldu.

Isviçreli doga bilimci Conrad von Gesner (1516-1565), bu konuda ilk çalisan arastirmacilardan biridir. Gesner'in gözlemlerini ve tanimlamalarini içeren "Historiae Animalium" adli ansiklopedisi, hayvanlar âleminin ilk resimli katalogu sayilir.

Italyan bir filozof, doktor ve botanikçi olan Andrea Cesalpino (1519-1603) ise, özellikle bitkilerin siniflandirilmasi konusunda yaptigi çalismalarla ünlüdür. "De plantis libri" adli eserinde, bitkileri gövde yapilarina ve meyve tiplerine göre siniflandirmistir.

Bugün kabul edildigi sekli ile olmasa da "tür" kavramini ilk kez Ingiliz doga bilimci John Ray (1627-1705) kullanmistir. Bitkiler ve hayvanlar konusunda önemli çalismalar yapan Ray, "Historia Plantarum" adli eserinde, bitkileri günümüz taksonomisine benzer sekilde siniflandirmistir. John Ray'in hayvanlar üzerine de yayinlanmis çalismalari bulunmaktadir.

Alman botanikçi Augustus Quirinus Rivinus (1652-1723), siniflandirma dereceleri içinde ilk kez "ordo: takim" kavramini kullanmasi ve bitkileri otsu-odunsu olarak ayirmasi nedeniyle, taksonomi tarihinde önemli bir yere sahiptir. Ayni tarihlerde, Fransiz botanikçi Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708) da tür, cins, kisim ve sinif gibi ayrimlari içeren, kapsamli bir siniflandirma hiyerarsisi önermistir.

Taksonomide gerçek anlamda devrim yaratan ve bugünkü anlamini sekillendirmeyi basaran bilim insaniysa, Carl von Linné (Latincelestirilmis hali Carolus Linnaeus, 1707-1778) olmustur. Isveçli bir botanikçi, hekim ve zoolog olan Linnaeus, modern taksonominin babasi olarak bilinir. "Systema Naturea" adli eserinde dogayi 3 gruba ayirmistir: mineraller, bitkiler ve hayvanlar. Yasami süresince 12 kez yenileyerek yayinladigi bu eserinde, bitki ve hayvan türlerine bilimsel adlarini da vermistir. Bu kitabin 10. baskisi taksonominin miladi olarak kabul edilir. Bu eserinde 4370 hayvan ismi bulunmaktadir. Latince ve Eski Yunanca kökenli bu adlarin çogu, günümüzde halen geçerliligini korumaktadir. Linnaeus, sinif - takim - cins - tür ve varyete olmak üzere 5 siniflandirma derecesi (kategori) kullanmistir. Taksonomik çalismalar bu dönemden sonra büyük ivme kazanmis ve insanoglu dogayi daha iyi betimlemeyi basarmistir. Popülasyon kavrami ile birlikte, evrimsel gelisimi algilamaya yönelik çalismalar artmistir.

Charles Darwin (1809-1882) ile birlikte gelen evrim kavrami sonucunda, taksonominin temel dayanagi evrimsel akrabaligin dereceleri olmustur. Galapagos Adalari'nda da arastirmalar yapan Darwin, burada ispinoz türlerini incelemis, bunlarin tek bir ortak atadan geliserek, farkli beslenme tiplerine uyum yaptiklari ve yeni türler haline geldikleri sonucuna ulasmistir.

Darwin'den sonra gelen arastirmacilar da, popülasyon sistematigi üzerine çalismaya basladilar. Julian Sorell Huxley (1887-1975), bu dönemin önemli adlarindan biridir ve taksonomide biyolojik verilerin daha fazla kullanilmasini saglamistir.

2.2. Taksonominin Dayanak Noktalari

Günümüzdeki sistematik çalismalar, evrimsel geçmisi ve akrabalik derecelerini esas alarak, ortak atadan gelen evrim basamaklarini içerir. Bu çalismalar "filogenetik taksonomi" ya da "kladistik" olarak adlandirilir. Kladistik çalismalarda hazirlanan kladlar, tek bir ortak atadan gelen tüm evrim basamaklarini içerir. Bu sekilde tek bir atadan köken alan gruplara "monofiletik gruplar" adi verilir. Örnegin, sürüngenler sinifi ve kuslar sinifi, tek bir ortak atadan gelmektedir.

Birden fazla ortak atadan gelen gruplara ise "parafiletik gruplar" denir. Sabit vücut sicakligina sahip canlilar olan memeliler ve kuslar, evrimsel soyagacina göre farkli ortak atalardan meydana gelmislerdir.

Taksonominin bir diger dayanak noktasi, çesitli vücut yapilarinin olusum kökenleridir. Buna en klasik örnek, hayvanlar âleminin memeliler sinifinin bir üyesi olan yarasanin kanatlari ve ayni ailenin bir diger üyesi olan insanin kollaridir. Yarasanin kanadini olusturan kol ve parmak kemikleri ile insanin kol ve el kemikleri, embriyo döneminde ayni kökenden olusmus olan kemiklerdir. Bunlar gibi ayni kökenden geliserek meydana gelmis yapilar "homolog yapilar" olarak bilinir.

Kuslarin ve böceklerin kanatlari ise, ayni islevi -yani uçma görevini- üstlenmelerine karsin farkli kökenlere sahiptir. Bunlar gibi farkli kökenden gelismis ama sonuçta ayni görev için özellesmis olan yapilara da "analog yapilar" denir.

Sistematik çalismalarda çesitli karakterler yardimi ile akrabalik dereceleri incelenir. Bunlar dis görünüsle ilgili morfolojik karakterler olabilecegi gibi, fizyolojik, genetik, ekolojik ya da davranissal karakterler de olabilir.

2.3. Morfolojik Karakterler

Bunlar, dis görünüse bagli karakterlerdir. Ancak, bir kismi her zaman çok güvenilir olmayabilir. Örnegin boy ve renk, yasa, cinsiyete, mevsime ya da beslenme sekline göre degisiklik gösterebilir. Sülün (Phasianus colchicus) ve yesilbasli ördek (Anas platyrhynchos) gibi türlerde disilerin ve erkeklerin renk ve desen özellikleri, ayni tür olmalarina karsin büyük degisiklik gösterir. Genel olarak erkekler daha gösterisli renk ve desenlere sahiptir.

Avrupa sigirciginda (Sturnus vulgaris), bahar ve kis mevsimlerinde tüy renkleri farklilik gösterir.

Öte yandan, bastankaralar (Parus spp.) ve kuyruksallayanlar (Motacilla spp.) gibi bazi kuslar için temel ayirt edici karakter renktir. Bu nedenle, çalisilan türün ya da grubun yasam döngüsünün iyi bilinmesi gerekir.

Bazen de, iki farkli tür birbirine benzer renk ve desenlere sahiptir. Bazi zehirsiz türler, zehirli türlerin görüntülerini taklit edebilirler (mimikri) ve renklenme ilk bakista yaniltici olabilir. Örnegin, üstteki kurbaga zehirsiz bir türdür (Allobates zaparo) ve alttaki zehirli ok kurbagasi türünün (Epipedobates parvalus) görüntüsünü taklit etmektedir.

Renklenme, canli olmayan bireylerde de yanlisliklara neden olabilir. Müzelerde saklanmak üzere kurutulan, formaldehit ya da alkol gibi çözücülerde bekletilen örnekler, canli iken sahip olduklari renkleri yitirirler.

Bazi renkleri farkli dillerde evrensel olarak tanimlamak da mümkün olmamaktadir. Örnegin boz renginin Ingilizce'de tam karsiligi yoktur.

Ari ve karinca gibi koloni halinde yasayan böcek türlerinde, koloninin farkli bireylerinin fiziksel görünümleri tamamen farklidir.

Vücut üzerinde bulunan kil, tüy, pul ve diken gibi yapilar ise, son derece önemli taksonomik karakterlerdir. Örnegin, kurbagalar ve semenderlerde (ikiyasamlilar = amfibiler), bu yapilarin hiçbiri bulunmaz. Baliklarin ve sürüngenlerin vücutlarini kaplayan pullar ise, teshis islemlerinde kullanilir.

Taksonomik çalismalarda, vücudun genel yapisi ve simetrisi, basin vücuda göre durusu, çesitli vücut uzunluklarinin birbirine orani ve iskelet yapisi önemlidir. Özellikle dis iskelet ve kabuk gibi yapilar ayirt edicidir. Suda yasayan çogu kabuklu canlinin siniflandirilmasi, kabuklarinin sekline göre yapilmaktadir.

Iç organlarin, esey organlarinin, embriyonik gelisme evrelerinin ve larvalarin özellikleri de taksonomik açidan önemlidir. Örnegin, kelebek ve kurbaga türleri için larvalardan teshis yapilabilmektedir. Benzer sekilde, suda yasayan omurgasizlarda da larva tipi ve gelisim evreleri önemlidir.

2.4. Genetik Karakterler

Kromozom özellikleri, akrabalik derecelerinin ortaya çikarilmasinda en güvenilir karakterler olarak kabul edilir. Türlerin kromozom sayilari, kromozom tipleri ve boyutlari, DNA dizileri kendilerine özgüdür. Farkli türlerin kromozom sayilari ayni olsa bile, kromozomlarin özellikleri ve içerdikleri gen miktarlari farklidir. Ayrica, genetik yapi üzerindeki belirli gen bölgelerinin sekansi gibi özellikler de akrabaliklarin anlasilmasinda son derece önemlidir. Bu alanda, farkli teknikler kullanilarak evrimsel öykü üzerinde çok sayida yeni ve daha kesin bulgulara ulasilmaktadir.

Moleküler sistematik, çekirdek, mitokondri ve kloroplast gibi organellerden elde edilen genetik materyal ile çalismaktadir. 2003 yilinda, Kanadali arastirmaci Paul D.N. Hebert tarafindan DNA barkodlama sistemi önerilmistir. Bu sistem, mitokondri DNA'sinda her tür için "türe özgü" olan belirli bölgeleri tespit ederek tanimlar. DNA barkodlama sistemi, bir çesit "türler kütüphanesi" kurulmasinin ilk adimi olmustur. Bu konu üzerinde çalismalar artarak sürmektedir.

Bu kütüphanelere, asagidaki baglantilardan ulasabilirsiniz:
IBOL - International Barcode of life (http://www.dnabarcoding.org/)
Barcode of Life Database (http://www.barcodinglife.org/views/login.php)

2.5. Fizyolojik ve Biyokimyasal Karakterler

DNA çalismalarina benzer sekilde, enzim özellikleri, protein yapisi ve kan serumu üzerinde yapilan incelemeler de akrabalik dereceleri konusunda güvenilir veriler saglamaktadir. Bazi canlilarda bulunan özel proteinler ve çesitli kimyasal maddeler, türlerin birbirlerinden ayriminda yardimci olabilmektedir. Örnegin, çok soguk ya da çok sicak ortamlarda yasayabilen canlilar, bu tipte özel proteinler tasirlar. Bu karakterler, heterozigotlugun tespitinde ve polimorfizm ile ilgili çalismalarda son derece yardimci olabilmektedir.

2.6. Ekolojik Karakterler

Türlerin yasamayi seçtikleri kosullar, habitat özellikleri, hangi cografyalarda yasadiklari, parazit ve hastalik yapici türlerin hangi canlilari konakçi olarak seçtikleri ve bu konaklarin gösterdigi reaksiyonlar, beslenme sekilleri ve üreme özellikleri taksonomik açidan son derece önemlidir. Örnegin, bazi kurbaga türleri, yumurtalarini biraktiklari yerler ve yumurta kümelerinin sekilleri sayesinde daha kolay ve dogru olarak teshis edilebilmektedir.

2.7. Etolojik (Davranissal) Karakterler

Üreme davranislari, ses çikarma, av-avci iliskileri, isik verme ve yuva yapma, yumurta birakma gibi karakteristik davranislar da taksonomide yararlanilan karakterlerdir. Kurbagalarda ve kuslarda çogu tür, sesleri sayesinde teshis edilebilmektedir.

Benzer sekilde, toprakta yuva yapan canlilarin çogu, yuva biçimlerine bakilarak teshis edilebilmektedir.

3.1. Taksonominin Çalisma Sekli

Ilk taksonomistler için canlilarin yalnizca dis görünümleri üzerinde gözlem yapmak yeterliydi. Ancak, günümüzde artik dis görünüsün siniflandirma için yeterli olmadigi, çogu zaman yaniltici olabildigi biliniyor. Örnegin, ayni tür canlilarda yasa, cinsiyete, mevsimlere, hatta beslenme sekline bagli olarak morfolojik degisiklikler görülebiliyor.

Bu nedenle iyi bir taksonomist, anatomi, morfoloji, fizyoloji, genetik, ekoloji, cografya, jeoloji, istatistik ve matematik gibi diger konularda da yeterli bilgi birikimine sahip olmalidir. Bu bilgiler, canlilarin yalnizca siniflanarak belirli gruplara yerlestirilmelerinde degil, tanimlanmalarinda ve anlatilmalarinda da önemlidir.

Taksonomi çalismak isteyen bir kisi öncelikle belirli bir grup seçmelidir. Ancak, büyük bir grupla çalismak yerine, belirli bir grup üzerinde özellesmek her zaman daha iyidir. Örnegin, yalnizca arilar konusunda özellesmis olan bir taksonomist, böceklerin genel taksonomisini çalisan bir arastirmacidan daha degerli kabul edilmektedir. Çünkü küçük gruplarla çalisilirken hem yapilabilecek hatalar azalir hem de çok daha ayrintili çalisilabilir.

Hangi grupla çalisacagina karar veren taksonomist, öncelikle o tür hakkinda bilinen verileri toparlamali, bunlari iyice ögrenmeli ve tür hakkinda yeterli bilgi sahibi olmalidir. Bir türün nerede yasadigini bilmeyen bir arastirmacinin o türü bulmasi neredeyse olanaksizdir.

Sonraki adim, taksonomistin kendi örneklerini toplamasidir. Örnekler toplanirken, bunlarla ilgili çesitli veriler de not alinmalidir. Örnegin toplandigi yer, tarih, mevsim, saat, yükseklik, iklim ve cografya özellikleri gibi bilgiler, hem türün teshisini kolaylastirir hem de türün yasam sekli hakkinda bilgi verir. Bu nedenle taksonomist, iyi bir gözlemci olmalidir ve nelerin isine yarayabilecegine iyi karar vermelidir.

Bir taksonomistin en önemli yardimci kaynagi, önceden teshis edilmis türlerin olusturdugu koleksiyonlardir. Siklikla müzelerde bulunan ve korunan bu zengin koleksiyonlar, taksonomistin kendi topladigi örneklerle karsilastirma yapabilmesini saglar. Karsilastirma yardimiyla örneklerini teshis eden arastirmaci, daha sonra bu örnekleri siniflandirir ve taksonomik özelliklerini inceler. Bu incelemelerin sonucunda da, belirli yayinlar yapilir.

3.2. Taksonomik Yayinlar

Toplanan örneklerin hangi türe ait oldugu, bu amaçla hazirlanmis özel teshis anahtarlari ve müze örnekleri yardimiyla dogrulanir. Bazen, daha önce tanimlanmamis olan bir tür bulunabilir. Böyle bir durumda, daha ayrintili bir incelemeyle bunun gerçekten yeni bir tür olup olmadigi dogrulanir ve bu yeni türü bilim dünyasina tanitmak için özel bir bilimsel yayin yapilir. "Orijinal deskripsiyon" adi verilen bu yayinda türün tüm özellikleri detayli biçimde tarif edilir, yakin türlerden farklari açiklanir ve türe özgü resimler verilir. Bu sekilde canli bilim dünyasina tanitilmis olur. Tanimlanan yeni türe bilimsel bir ad verilir. Bilimsel adlandirmada belirli kurallar izlenir ve mutlaka Latince ya da Yunanca sözcükler kullanilir.

Tür adlari, siklikla canlinin dis görünüsünü, davranis özelliklerini, zarar verdigi bitkiyi, ilk kez tespit edildigi bölgeyi ya da bulan arastirmacinin önem verdigi kisisel bir detayi (kendi adi, saygi duyulan bir bilim insaninin adi vb.) yansitir ve her zaman italik yazilir. Örnegin beyaz tüylü ise "alba", yesil ise "viridis", dagda yasiyor ise "monticola", tarlada yasiyor ise "arvensis" gibi ekler eklenebilir. Bu konuda kesin kurallar yok ise de komik, küçük düsürücü, asiri uzun, okunmasi güç, baska türlerin adlarina benzeyen ya da anlamsiz olan adlar verilmesi önerilmez. Bilimsel ad iki bölümden olusur. Ilki türün içerisinde bulundugu cinsi ifade eder, ikincisi ise bu canliyi tanimlamayi saglayan bir sifat niteligindedir. Bilimsel adin yanina, bu türü tanimlayan bilim insaninin adi ve yayinlandigi tarih yazilir.  

Taksonomi çalismalarinda baska yayinlar da yapilabilir. Bunlar arasinda redeskripsiyon (yeniden tanimlama), revizyon (bir grubun toplu halde ele alinmasi), monograf (yüksek taksonlarin detayli incelenmesi), fauna listeleri, resimli atlaslar, teshis için rehber kitaplar, çesitli kataloglar ve kontrol listeleri (check list) sayilabilir.

Bazen ayni tür, farkli zamanlarda farkli arastirmacilar tarafindan bulunup tanimlanmis olabilir. Yani, ayni türe iki farkli ad verilmistir. Böyle bir durumda, daha eski tarihli olan adlandirma esas alinir ve diger adlar sinonim (es anlamli) kabul edilir.

Bazen de farkli türlere ayni ad verilebilir. Bu duruma homonimlik adi verilir. Homonimlik halinde de eski tarihli çalisma esas alinir ve diger türün adi degistirilir.

Taksonomik çalismalarda kullanilan örnekler, diger arastirmacilara yol göstermek için çesitli adlarla anilir:

Esas Tipler 1948 Paris Uluslararasi Zooloji Kongre'sinde resmi olarak kabul edilmis olup bunlarin mutlaka yayin yolu ile bilim dünyasina duyurulmasi gereklidir. "Holotip" ya da "tip" yazar tarafindan yeni bir tür olarak kabul edilen ve buna dayanilarak orijinal tanimi yapilmis olan örnege verilen addir. Holotip tek bir örnektir ve konu hakkinda çalisanlar tarafindan dünyada hangi müzede ya da koleksiyonda muhafaza edildigi bilinir. "Paratip" yeni bir tür olarak kabul edilen ve içlerinden bir tanesinin holotip olarak ayrilmasindan sonra geriye kalan örneklerdir. "Allotip", holotip olarak kabul edilen örnegin karsi eseyde olan bir örnegine verilmis bir ad olup, paratipler arasindan seçilir. Yani, eger holotip disi bir birey ise, allotip erkektir.

Bazen orijinal deskripsiyon yani tanim tek bir örnek üzerinden degil, bir seri örnekten yapilir. Böyle bir serideki her bir örnege "sintip" ya da "kotip" adi verilir. Daha sonra bu örneklerden bir tanesi o türün kesin tipi olarak ayrilacak olur ise bu örnege lektotip adi verilmektedir. Lektotip ayrilir ise geri kalan örneklerde paralektotip edi verilir. Holotip bir sekilde kayip olur ya da zarar görür ise, mevcut örnekler arasindan bir tanesi tip olarak seçilir ve buna "neotip" adi verilir. Tüm bu tipler koleksiyonlarda özel olarak etiketlenir ve diger taksonomistler tarafindan bazen yüzlerce yil sonra incelenirler. Yapilacak düzeltme ya da eklemeler yine taksonomistler tarafindan yayinlanir.

3.3. Taksonominin Uygulama Alanlari

Günümüzde, dünya üzerinde milyonlarca farkli canli yasamaktadir. Taksonominin en önemli yarari, bu canlilara iliskin çalismalarin belirli bir düzen içerisinde yapilabilmesini saglamaktir. Herhangi bir canliya yönelik bir çalisma yapabilmek için, bu canlinin türünü ve bu türün özelliklerini iyi bilmek gerekir. Doga tarihi müzeleri, botanik bahçeleri ve tür bankalari, taksonomik bilgileri dogrudan kullanan ve taksonomik koleksiyonlari koruyarak sergileyen esas yerlerdir.

Çok çesitli alanlardaki çalismalar taksonomiden büyük ölçüde yararlanmaktadir:

1. Koruma Çalismalari:
Türlere yönelik koruma çalismalarinin verimli olabilmesi için, türlerin ve yasam sekillerinin iyi bilinmesi gereklidir. Örnegin, deniz kaplumbagalarini korumak için, yalnizca yuvalama kumsallarini koruma altina almak yeterli degildir. Bu canlilarin nasil üredikleri, yuvalara ve yumurtalara nelerin zarar verebilecegi, beslenme ve kislama alanlarinin nereleri oldugu gibi bilgilerin yaninda, yavrularin ve erginlerin hangi türlerle beslendiklerini ve dogal düsmanlarinin hangi canlilar oldugunu bilmek de önemlidir.

Yalnizca türlerin degil, dogal kaynaklarin korunmasi için yapilan çalismalar da taksonomik verilerden yararlanir. Örnegin, bazi canlilar yalnizca temiz sularda yasarken, bazi türler de yalnizca belirli kimyasallarin bulundugu sularda yasarlar. Bu canlilar, biyolojik indikatörler olarak bilinir. Belirli bir su kaynaginda bu canlilarin var olup olmadiginin teshis edilmesi, suyun kalitesi hakkinda bilgi verir ve koruma çalismalarini yönlendirebilir.

2. Tarim:
Tarim, taksonomiden büyük yarar saglamaktadir. Bitki türlerinin yetistirilmesinde ve kültüre alinmasinda, bu bitkilerin ne özellikteki topraga, ne kadar isiga, ne kadar suya gereksinim duyduklari ve hangi zararlilardan korunmalari gerektigi gibi bilgiler çok önemlidir. Bunun da ötesinde, bitki türlerinin besin degerleri, tibbi özellikleri, tekstil ve kagit gibi sanayi alanlarinda kullanilmaya uygun niteliklerinin olup olmadigi, yine taksonomi çalismalarinda tanimlanir.

Belirli bir alanda agaçlandirma çalismasi ya da herhangi bir tür bitki ekimi yapilmak istendiginde de, alanin özelliklerine bakilarak, hangi bitkinin taksonomik özelliklerinin bu alanda ekim için uygun olduguna karar verilir.

Tarim zararlilarina yönelik mücadele çalismalari için de taksonomik verilerden yararlanilir. Örnegin, ekin zararlisi bir böcek türüne karsi mücadele çalismalarinda, bu zararlinin nerede ve ne sekilde üredigi, yumurtalarini nerelere biraktigi, larvalarinin olup olmadigi gibi bilgilerin yaninda, larvalarin ve erginlerin dogal düsmanlarinin hangi türler oldugunu bilmek önemlidir.

3. Tip:
Zararli organizmalarin neden oldugu hastaliklar konusunda yapilacak çalismalar için taksonomik bilgiler son derece önemlidir. Herhangi bir hastalik etkeninin ne oldugunu anlayabilmek için bu organizmayi dogru sekilde teshis etmek gerekir. Bundan sonra organizmanin hangi kosullar altinda ve nasil üredigi, genel biyolojik yapisi ve hangi maddelere karsi duyarli oldugu incelenebilir.

Vektör canlilarla mücadelede de taksonomik bilgilerden yararlanilir. Örnegin, sivrisineklere karsi yürütülen biyolojik mücadele çalismalari, bu verilerden önemli ölçüde yarar görmüstür. Sivrisineklerin suda yasayan larvalarinin oldugu ve bu larvalarla beslenen balik türlerinin bulundugu bilinmektedir. Bu sayede, sivrisineklerin yumurta biraktiklari su kaynaklarina bu balik türleri birakilmis ve sivrisinekler önemli ölçüde kontrol altina alinabilmistir.

Benzer sekilde, yararli özellikleri olan canlilar da taksonominin sagladigi kolaylik sayesinde bu kadar ayrintili çalisilabilmistir. Bazi yararli bakterilerin laboratuvar kosullarinda üretilerek çogaltilabilmesi, bu canlilarin teshis edilebilmesi ve bu türlerin özelliklerinin yeterli düzeyde bilinmesi sayesinde gerçeklestirilmistir.

Insan hastaliklarina yönelik çalismalar, belirli özellikleri insana benzeyen canlilardan elde edilen bilgiler sayesinde yürütülmektedir. Evrimsel iliskilerin ortaya çikartilabilmesi de, yine taksonomik incelemeler sayesinde gerçeklesmistir.

4. Jeoloji (Yerbilim):
Taksonomi, jeolojik arastirmalara da büyük kolaylik saglar. Fosillerin dogru teshisi, jeolojik zamanlarin tarihsel gelisimini ortaya çikarmaya yardimci olur.

3.4. Sistematik Ekoller

Son yillarda geleneksel taksonomik çalismalar, yerlerini daha detayli yöntemlere birakmaktadir. Özellikle bilgisayarlarin gelismesi ile birlikte, taksonomik iliskilerin belirlenmesinde ve sistematik çalismalarda yeni metodolojilerin gelistigi gözlenmektedir.

1960'larin ikinci yarisindan itibaren, karakter durumlarini esit kabul eden ve morfometrik ölçümleri esas alarak canli türleri arasindaki sistematik iliskileri belirlemeye çalisan "fenetik" ekolü ortaya çikmistir. 1990'lardan sonra bu ekol daha da geliserek, dogrudan canlilarin biçimleri üzerinde çalisan "geometrik morfometri" olarak sekillenmistir.

Bu ekole göre, karakterlere esit agirlik verilerek hazirlanan sayisal veriler bir matris haline getirilir. Ardindan "fenogram" adi verilen benzerlik agaçlari çizilir. Fenogramlar disinda, ayrisim fonksiyonu analizleri de taksonlar arasindaki iliskileri özetlemede yaygin olarak kullanilmaktadir. Bu amaçla TPS, IMP, NtSys, Morpheus, Morphologika, MorphoJ gibi çok sayida bilgisayar paket programlari gelistirilmistir.

Diger taraftan, yine ayni yillarda, bazi karakterlerin daha ayirici oldugunu savunan ve canlilarin siniflandirilmasinda eski ve atasal karakterlerin belirleyici oldugunu düsünen "kladistik" ekolü hiz kazanmistir. "Filogenetik sistematik" olarak da bilinen bu ekole göre, evrilmis (türemis, apomorfik) karakterler kullanilarak ortak ata iliskisini yeniden düzenlemek ve taksonlari ortak ata temelinde gruplandirmak gereklidir.

Bu belirleme sürecinde, en yakin ortak ata iliskisini saptamada sadece apomorfik karakterler belirleyicidir. Böyle bir belirleme, gruplarin filogenetik secere iliskisini en dogru olarak yansitan dogal siniflandirmaya uyacaktir.

Bu amaçla, öncelikle karakterler polarize edilir. Yani, hangi karakter durumunun atasal (plesiomorfik) ve hangisinin türemis (apomorfik) oldugu belirlenir. Sonra bunlar bir veri matrisi halinde düzenlenir. Bu matriste (ikili ve polarize ise) "0" plesiomorfiyi, "1" ise apomorfiyi gösterir. Bu asamadan sonra da, farkli analiz teknikleri ile en dogru soyagaçlari çizilmeye çalisilir. Bu soyagaçlarina özel olarak "kladogram" adi verilir. Kladogramlarin çiziminde, çalisilan kladlara birbirine oldugundan daha uzak bir "akraba bir dis grup" seçilmesi gereklidir.

Günümüzde arastirmacilar, dogrudan DNA verisini de kullanabilen ve farkli algoritmalar izleyen çok sayida bilgisayar paket programlarini kullanmaktadirlar. Bunlar arasinda PHYLIP, PAUP, MacClade sayilabilir.